Гольбейн створив цілий ряд величних фресок в Базелі, Люцерні і Лондоні, але всі вони не дожили до наших днів. Неушкодженими залишилися лише невеликі фрагменти настінних розписів. Втім, збереглися попередні малюнки та зменшені копії дозволяють отримати досить адекватне уявлення про фресках Гольбейна.
Між 1517 і 1519 роками Гольбейн допомагав своєму батькові, що прийняв замовлення на оформлення будинку голови магістрату Люцерна. Вгорі представлений один з попередніх малюнків цього оформлення. У той час було модно розписувати не тільки внутрішні, але і зовнішні стіни будинків, на них, як добре видно з цього рисунка Гольбейна, зображували декоративні візерунки або алегоричні сцени.
У Базелі Гольбейн розписав стіни залу засідань в ратуші, з допомогою релігійних і алегоричних сюжетів проілюструвавши ідею правосуддя. Найвідомішою настінним розписом художника вважалася фреска в лондонському палаці Уайтхолл – із зображенням короля Генріха VIII і його сім’ї. На жаль, вона загинула у вогні пожежі в 1698 році.