Карпаччо досить часто трактував релігійні сюжети в жанровому ключі – частіше, ніж сучасні йому венеціанські живописці.
Проте одна з його релігійних картин незвичайна і навіть для нього. Це Мадонна з Немовлям і Іоанном Хрестителем” з Штеделевского інституту у Франкфурті. Ще ніхто до Карпаччо не писав Немовляти Ісуса звичайним маленьким хлопчиком у сучасному дитячому костюмі.
Вся композиція більше нагадує сцену з життя благочестивої венеціанської сім’ї, ніж традиційний образ Мадонни з Немовлям. Картина тим більше дивна, що зазвичай Карпаччо зображував Богоматір так, як це було прийнято. Наприклад, майже нічим від безлічі інших Мадонн не відрізняється його Мадонна з Скуола ді Сан-Джорджо”.
Точно таку ж Мадонну на троні” міг би написати будь-який з братів Белліні. Треба визнати, однак, що цей образ позбавлений необхідної для такого роду робіт монументальності і значності. Будучи художником-оповідачем, Карпаччо дуже часто провалювався там, де потрібно було створити щось статичне, величне.