Фрески Мазаччо і Мазолино в капелі Бранкаччи реставрувалися не раз, самі великі реставраційні роботи проводилися тут після пожежі 1771 року, в 1902-04 роках і, нарешті, в 1982-88 роках. Найбільш вдалою виявилася остання реставрація, дозволила відновити первісний колорит фресок і виявити залишалися перш непоміченими деталі.
Найбільш сильним змінам піддалася одна з центральних сцен на фресці Мазаччо “Вигнання з Раю” . Тут були прибрані додані в більш пізні часи фігові вінки на стегнах Адама і Єви.
Крім того, в капелі виявилися невеликі фрагменти ще однієї фрески, імовірно названої “Розп’яття святого Петра”. Фреска була повністю замазана під час перебудови капели приблизно в 1460 році.