Катерина, знала Івана Івановича Бецкого з самого свого приїзду в Росію, наблизила його до себе, оцінила його освіченість, витончений смак, його тяжіння до раціоналізму, на якому й сама виховалася. В справи державні Бецкой не втручався і впливу на них не мав; він отмежевал собі особливу область – виховну.
Указом 3 березня 1763 р. на нього було покладено управління Академією Мистецтв, при якій він влаштував виховне училище, а 1 вересня того ж року був оприлюднений маніфест про заснування московського виховного будинку По думки Бецкого, в Петербурзі було відкрито “виховне товариство шляхетних дівчат” довірене його головному піклуванню і керівництву.
У 1765 р. він був призначений шефом сухопутного шляхетного кадетського корпусу, для якого склав статут на нових засадах. У 1773 р., за планом Бецкого і на кошти Прокопія Демидова, було засноване Виховне комерційне училище для купецьких дітей. Довіривши Бецкому керівництво всіма навчальними та виховними закладами, Катерина обдарувала його великими багатствами, значну частку яких він віддавав на справи благодійності і особливо на розвиток виховних установ.
В якості директора канцелярії від будівель Бецкой багато сприяв прикраси Петербурга казенними будівлями та спорудами; найбільшими пам’ятками цієї сторони його діяльності залишилися монумент Петру Великому, гранітна набережна Неви і каналів і грати Літнього саду. Державін вшанував його пам’ять одою, в якій, перераховуючи його заслуги, говорив: “Промінь ласки був, Бецкой, ти”. Ці слова викарбувані і на його надгробному пам’ятнику.
