“Портрет Людвіга Левенштайна”, зберігається в державному музеї в Берліні, вважається одним з кращих портретів, створених художником. Раціоналізм епохи Відродження, особливо вдарила в портретах Бальдунга часто поєднується в його творчості з містикою, узагальнена пластику з ламаним ритмікою. У картинах Бальдунга помітно вплив натуралістичної верхнегерманской школи, але у виборі сюжету, і в компонуванні проявляється багата творча фантазія.
Найвизначнішими з його робіт вважаються картини, що знаходяться у Лихтентальском жіночому монастирі, написані ним в 1495-1496 роках, і головний вівтар Фрайбурзького собору, скінчений в 1516 році; на середній частині цього вівтаря зображено “Вінчання Діви Марії”; на бічних частинах чудово виконано “Втеча в Єгипет”, вважається його найкращим твором. Довгий час Бальдунгу приписувалося авторство Изенгеймского вівтаря, що зберігається в даний час в Кольмарском музеї Унтерлинден. Справжнім автором вівтаря є Матіас Грюневальд.