До картині “Мадонна в скелях” Леонардо да Вінчі приступив в 1483 році, отримавши замовлення на вівтарну картину від одного з релігійних братств. Розбіжності з замовниками з-за оплати призвели до того, що Леонардо да Вінчі залишив картину у себе, остаточно завершивши її між 1490 і 1494 роками. Розмір картини 198 x 123 см, полотно, дерево, олія. Картина “Мадонна в скелях” може вважатися першою монументальної вівтарної композицією Високого Відродження. На відміну від “Поклоніння волхвів” тут ця задача вирішується їм у всеозброєнні зрілого майстерності. Флорентійське “Поклоніння” буяло безліччю діючих осіб першого і другого плану.
У луврської картині художник зобразив тільки чотири розташовані на першому плані фігури – діву Марію, ангела, немовляти Христа і маленького Іоанна Хрестителя. Але зате ці образи набули риси узагальненого величі; в порівнянні з ними персонажі ранніх леонардовских робіт здаються менш значними. Образи “Мадонни в скелях” можна назвати ідеально прекрасними, але з обов’язковим доповненням, що вони зберігають при цьому всю повноту життєвої виразності. У першу чергу це відноситься до образу самої мадонни, материнська любов якій виражена не тільки в жесті її руки, одночасно як би заради благо словення і оберегающем її дитини, але і глибокої внутрішньої зосередженості, в тій концентрованості душевного почуття, у порівнянні з яким виглядає наївним образ юної матері в картині “Мадонна з квіткою”. Відбиток серйозності притаманний в луврської картині навіть чарівним дітям.
Кватроченто знало два переважних типу зображення в мальовничих композиціях – небудь статичні образи урочистого предстояння, або докладне оповідання, жвавий розповідь. У картині леонардовской “Мадонна в скелях” немає ні того, ні іншого. Дійові особи позбавлені скутості, вони відрізняються повною свободою фізичних і душевних рухів. Тут немає і ясно вираженого сюжетно-розповідного розкриття теми; замість чіткої фіксації певного моменту Леонардо знайшов у луврської картині один з найважливіших образотворчих принципів Високого Ренесансу, який можна визначити як втілення людського образу у стані гармонійного буття, особливого рівноваги внутрішніх і зовнішніх рухів. Це не окремий момент, це своєрідне, “триваюче” стан, вільний, однак, від внутрішньої скутості кватрочентистских образів.
По-новому представлено тут і оточення дійових осіб – подоба грота серед химерних скель, що нагадують за формою гігантські темні кристали, грунт, всіяна різноманітними квітами. Порізно кожен камінь, кожна травинка і квітка – це найтонше зображення натури, свідоцтво величезних знань Леонардо да Вінчі в геології та ботаніці, але в цілому вони утворюють пейзаж майже фантастичного характеру. Це вже не фон, а своєрідна емоційна середовище, вступає в активну зв’язок з людськими образами, – недарма фігури зображені не перед пейзажем, як це бувало раніше, а в самому пейзажі. Традиційна кватрочентистская роз’єднаність першого плану і фону тим самим була остаточно подолана.
Під стати узагальненого характеру образів, “великому” бачення натури і саме композиційне мислення Леонардо да Вінчі. Його раннє “Поклоніння волхвів” порівняно з картиною “Мадонна в скелях” здалося би просто хаотичним. У луврської картині виразно проявилося вміння розташовувати фігури згідно чіткому і ясному геометричного побудови: вони як би вписані в рівнобедрений трикутник, вершина якого співпадає з головою Марії. Так Леонардо да Вінчі кладе початок надзвичайно поширеною в живописі Високого Відродження пірамідальної композиції, що сприяє створенню ясних і гармонійних рішень.
У луврської картині фігури почуваються в межах цього побудови вільно і природно, тим більше що Леонардо да Вінчі уникає сухого геометризму, вносячи в композицію додаткові відтінки. Так, обтяжуючи правий нижній кут картини двома фігурами – ангела і немовляти Христа, – художник врівноважує її з допомогою великого просвіту в лівій верхній частині, завдяки чому спокійна статика пірамідальної композиції збагачується рухом по діагоналі. Подібні прийоми складного динамічного рівноваги стануть характерними для майстрів Високого Ренесансу.