Композиційна схема цієї фрески Джотто з’єднує окремі риси візантійського прототипу з абсолютно новими мотивами, які здатні посилити настільки важливий для художника ефект достовірності того, що відбувається.
Як і у візантійському мистецтві, Христос поміщений у краю столу, на грудях у нього покоїться голова улюбленого ним Іоанна. Однак фігури апостолів розміщені по обидві сторони столу, завдяки чому композиція стає компактнішою і врівноваженішими, а її ритмічний малюнок ускладнюється.
Але найважливіше полягає в тому, що завдяки цьому у художника з’являється можливість намітити не тільки символічну, але й емоційну взаємозв’язок між усіма учасниками таємної вечері. Тепер вони можуть розмовляти, обмінюватися репліками і обговорювати те, що відбувається.
Ще одне істотне нововведення Джотто – виявлення просторового середовища дії за рахунок перспективно трактованого зображення інтер’єру невеликий, аскетично обставленої кімнати.