Марія, в темній синьою одягу, сидить або стоїть на колінах, майже в центрі групи. Вона пильно й лагідно дивиться на прохача Іоанна, правою рукою обіймаючи його за плечі, у той час як, її ліва рука піднята защищающе над Ісусом. Ангел пильно дивиться з картини з тихою посмішкою, встановлюючи контакт з глядачем. Правою рукою, оскільки ангел – хранитель Іоанна, ангел вказує на нього, а лівою – він підтримує немовля Ісуса, який дивиться на Івана, піднімаючи одну руку благословення. Таким чином група пов’язана взглядми і жестами, з глядачем. Здається, що скелясте, кам’яне підніжжя на передньому плані різко спадає. Це відразу пояснює, що місце – віддалено і ізольовано, і це підкреслено дикими скелями навколо.
В кількох місцях між скель видно вода і гори в тумані. Сяйво фону, мерехтіння води і рослини пом’якшують непривітну атмосферу скель. Цей ефект продовжений в світі. Деякі з цих елементів можуть читатися як релігійні символи: вода і перли і кристал, які використовуються, щоб закріпити одяг Мері, можуть бути прийняті, як символи її чистоти. Формування скелі можуть читатися, як символіки Марії: чистий образ Матері Бога – як скеля, що не може перетворитися в розколину створену людською рукою, ні в непривітні каменниме брили, вищерблені природними силами Крім того, скеля, грот серед скель, означає притулок для немовляти Іоанна і Христа. В 1483, приїхавши в Мілан, Леонардо отримав замовлення від Братства в церкві Св. Франциско. Братство уповноважив Леонардо, разом з двома місцевими художниками, братами Предис, виконати більшу частину вівтаря для їх нещодавно закінченою каплиці, присвяченій Діві Марії.
Контракт містив детальні інструкції для художників щодо живопису і золочення великого перестола вівтаря, який столяр вже закінчив у 1482 . Леонардо писав центральну групу, яка вижила в двох версіях. Старша з двох знаходиться в Луврі, в Парижі, в той час як друга версія знаходиться в Національній Галереї в Лондоні Бокові сторони, з двома музицирующими ангелами, написані колегою Леонардо, Амброгио де Предис, – в тій же самій галереї в Лондоні. Картина є центральною групою великого перестола вівтаря. Праворуч і ліворуч великі фигуриа ангелів. Завершують художнє оформлення сцени, що зображують історію життя Марії і скульптури пророків і Бог Отець – вище. В ніші в центрі перестола розмістилася дерев’яна скульптура Мадонни і дитини.
Картина Леонардо була поміщена в напрямні перед цією нишой, приховуючи скульптуру Мадонни і Дитини – протягом 364 днів року. Тільки 8 грудня, в свято, живопис Леонардо механічно відсувалася. Леонардо зобразив Діву Марію разом з немовлям, Св. Іоанном – дитиною, і ангелом у скелястим гротом – отже, справедливо назва під яким ми знаємо картину сьогодні. 199х122.1483-86 25 квітня 1483 року до художника звернулися члени місцевого братства Непорочного Зачаття з проханням написати картину для вівтаря каплиці. Очевидно, це був перший мальовничий замовлення Леонардо в Мілані. Герцога Сфорца, на службу до якого флорентієць вчинив, спочатку використовував його таланти в основному для розподілу палацових свят.
Втім, Леонардо займався цим не без задоволення – тут був простір для фантазії і можливість здійснювати свої інженерні проекти. Для Леонардо живопис була теж полем для експерименту. Виконуючи замовлення Братства, він використовував винайдену їм техніку сфумато, яка відтепер стала характерною рисою його живопису. Предмети на його полотнах не мають чітких меж: все, як у природі, розмито, проникає одне в інше, а значить, дихає, живе, пробуджує уяву. Італієць радив учням вправлятися у такому розсіянні, розглядаючи виникають від вогкості плями на стінах, попіл, хмари або бруд. Імла огортає фігури Марії, двох малюків – Ісуса та Іоанна – і Ангела. Обличчя Ангела не чоловіче і не жіноче.
Художник написав особа безстатевої істоти, якими, очевидно, і повинно бути ангели. Краєвид, що відкривається за Марією, здається фантастичним. Але сам Леонардо стверджував, що живопис-це наука. Як видно з рисунків того часу, він займався дослідженням геологічних явищ і рослин. Свої знання він переніс і на картину. Можна визначити вид зображених тут рослин. Леонардо навіть передав їх властивість повертатися слідом за сонцем. Існує ще одна картина “Мадонна в скелях”, написана пізніше.
Вважають, що її поява пов’язана ось з чим. Леонардо дуже погано вів свої грошові справи. Він часто прострочував замовлення, за що повинен був платити великі неустойки з тих грошей, які йому видавали під час роботи. Але він витрачав їх завжди швидше, ніж закінчував картину і штрафи платити не міг. В результаті за ним тягнувся довгий шлейф скарг і судових позовів. Але йому щастило: незмінно з’являвся благодійник, зазвичай, його покровитель, який оплачував його борги. Так сталося і цього разу. Покровителем виявився французький король Людовик ХІІ. В подяку Леонардо подарував йому перший варіант “Мадонни в скелях”. А для каплиці він або його учні зробили копію.