У картині Крамського пустеля справляє враження холодного ледянящего простору, в якому немає і не може бути життя. Могутня вертикаль немов скам’янілою від дум фігури Христа протистоїть нескінченної ширі пустелі. В його обличчі, особливо у погляді, повному напруженої думки, читається якась відчуженість, відсутність реальності тутешнього світу. Він зображено спиною до розовеющему горизонту, він може тільки вгадувати схід.
Ранок відродження настало, але сонце ще не встало… Подібно до того, як посеред холоду і мороку пустелі народжується світло, так всередині зображеної людини народжується воля до подолання мороку і хаосу навколишнього життя. У картині немає місця ясним і радісним тонам, як немає місця наївною світлій вірі. Його віра знаходиться в болісному борінні духа, у протистоянні світові і самому собі.
Естетика картини знаходиться в межах епохи. Створений Крамским образ не божественним і не сверхестествен. Маючи земний вигляд, Христос втілює ідею невидимого світу, виявляючи разом з тим образ Божий. Крамськой шукає зображення по відношенню до власного мислимому образу, а не по відношенню до абсолюту і тим більше не до соціального чи фізичного типу. Він і не претендує на універсальність набутого їм у живопису ідеалу. У цьому випадку “правда особи” залежить не від естетичного канону, а від справжності віри художника. А на запитання глядачів: “Це не Христос, чому ви знаєте, що він був такий? – я дозволяв собі зухвало відповідати, але адже і справжнього, живого Христа не впізнали”, – писав Крамськой.
На початку 1873 року Крамськой, дізнавшись, що Рада Академії мистецтв вирішив присудити йому звання професора за картину “Христос в пустелі”, пише листа до Ради про відмову від звання, залишаючись вірним юнацької ідеї незалежності від Академії. Звання професора Крамському не було присуджено. Крамськой отримав кілька пропозицій продати картину. П. М. Третьяков став першим, кому митець назвав свою ціну – 6000 рублів. Третьяков відразу ж приїхав і придбав її не торгуючись.