Отримання цього замовлення, умовою якого є написання сюжету поклоніння волхвів новонародженому Ісусу, можливо, теж не обійшлося без допомоги П’єро да Вінчі, який був нотаріусом і монастиря Сан-Донато.
Письмовий договір на “Поклоніння волхвів” показує, що поширеною в той час практикою було платити художнику “натурою”. Гроші на створення образу були пожертвувані в 1479 році фабрикантом, виробником сідел. Основну оплату роботи Леонардо, яка повинна була бути виконана протягом 24-30 місяців, становила третину земельної ділянки в Вальдельзе, розташованого між Флоренцією і Сієною. Судячи з запису, ця земля була дарована монастирю “Симоном, батьком брата Франческо”. За договором ченці могли викупити цю ділянку назад – за 300 флоринів протягом трьох років. Один з параграфів договору досить дивним: Леонардо повинен був видати 150 флоринів на придане “дочки Сальвестро ді Джованні”, внучці покровителя монастиря.
Робота не була завершена, і договір був розірваний. Але цей договір свідчить про те, що художники отримували оплату не тільки грошима. З інших документів ми знаємо, що Леонардо платили і вином, і деревиною, і зерном.
Розвиток інфрачервоної технології дослідження живопису дозволило побачити, що ховається під похмурою напівпрозорої коричневою фарбою, що покриває поверхню полотна. Нещодавно проведені шановним флорентійським ученим і істориком мистецтва професором Мауріціо Серачини, який вивчає роботи Леонардо протягом багатьох років, аналізи довели, що начерки, створені Леонардо, пізніше були покриті шаром коричневої фарби. Судячи з стилю, це доповнення було зроблено не рукою Леонардо. Можливо, потрібно було привести до одноманітності безліч різних сцен і знищити республіканський підтекст, який міг бути асоційований з іконографією зображень.
Історики багато років сперечаються про ескізі Леонардо до “Поклоніння волхвів”. Кілька ескізів загального плану, а також начерки окремих фігур показують, що Леонардо всякий кілька разів змінював композицію. В центрі полотна традиційна сцена, як вона описана в Євангелії від Матвія: поклоніння волхвів, або мудреців, Мадонну з немовлям. Волхви оточують їх і схиляють перед ними коліна. Можливо, Леонардо мав намір збудувати візуальний ряд так, щоб перенести акцент на зустріч трьох світових сил: Азії, Африки і Європи, об’єднаних народженням Христа і поширенням християнства.
Молодого, повного натхнення художника могла бути цікава дещо інша інтерпретація традиційної сцени. На задньому плані глядач бачить бій. Символізує воно витіснення язичництва християнством? З упевненістю можна сказати одне: у цій роботі Леонардо вивчає зображення емоцій на обличчях Святого сімейства і волхвів, які певним чином взаємодіють з ритмом руху на задньому плані картини.
Підготовча робота для “Поклоніння волхвів” тривала з березня по вересень 1481 року, але залишилася незавершеною у зв’язку з від’їздом Леонардо в Мілан. Вазарі так коментує ескізи роботи: “Він почав писати полотно “Поклоніння волхвів”, на якому ми бачимо безліч прекрасних зображень, особливо голів…, і яке так само залишилося незавершеним, як і інші його роботи”. Леонардо залишив у Флоренції це полотно і картину “Святий Ієронім”, розпочату раніше. Через роки, коли ченці перестали сподіватися на те, що Леонардо коли-небудь закінчить роботу, замовлення був переданий Филиплино Ліппі. Місце дії, пейзаж і розташування фігур схожі з Ескізами Леонардо.