Яку б славу не принесли Карраччі його “язичницькі” розпису Палаццо Фарнезе, але більшу частину робіт він писав все ж на традиційні релігійні сюжети. З 1584 по 1595 рік він створив досить багато великих вівтарних образів, демонструють поступове зростання майстерності. Після 1595 року художник написав порівняно небагато релігійних картин.
Будучи зайнятим розписом галереї Фарнезе, він знаходив час лише для невеликих робіт. Одним із шедеврів цього періоду стало полотно “Три Марії біля гробу Господнього” . Згодом цю “незрівнянний”, за словами одного з біографів майстра, картину придбав англійський король Карл I.
Крім того, до римського періоду відноситься кілька триптихів, включаючи таку виразну роботу, як “Зняття з хреста” . В кінці життя Карраччі знову почав створювати композиції для великих вівтарних образів, але писати їх передоручав своїм учням.